퍼렁별 침략의 중대한 임무를 잊고 한가로이 여가생활을 즐기고 있는 케로로 소대 앞에 머나먼 외계의 어딘가에 있는 비밀기지에서 케론성을 침략하기 위한 음모를 꾸미는 외계인들이 나타난다.

그들은 케론성 침략의 걸림돌이 되는 장애 요소를 분석하였고, 그 중 퍼렁별 침략군으로 파견된 케로로 소대를 1순위로 꼽아내었다. 외계인들은 '복제 군단'을 제작하기로 결정하고, 긴긴 시간 끝에 마침내 '1,000만의 케로로 ..